王菲素颜印度朝拜，她最开始是信的密宗花教。有传闻指她1992年因绯闻离开香港，前往美国纽约留学期间，因缘巧合接触了密宗，之后又在印度拜梭巴仁波切为师。传闻她手上的红绳也是师父梭巴仁波切赠与她的。梭巴仁波切是尼泊尔人，也是萨迦教的唯一的继承人。因此可以说王菲最早是信奉萨迦教。

2001年，王菲推出了佛教专辑《Lovingkinkness& Wisdom》（悲智双运），为师父梭巴仁波切的一项建造全球最大弥勒佛造像的计划筹款。这是王菲首次唱经文。为了支持师父，王菲当年还捐出900万港币给尼泊尔的雪山之颠高屋建瓴和“全球最大弥勒佛造像”工程。萨迦派的主寺是萨迦寺。因此王菲离婚后传出将在萨迦寺出家不是没有道理的。

王菲一方面信奉佛教，另一方面也传出过她曾与道教人士李一等人过从甚密。2005年10月5日，李亚鹏、王菲新婚后为了静享二人世界，远赴重庆北碚区缙云山风景区游玩，并住在白云观养身中心。缙云山道教协会副会长吴心道长还曾向外界透露王菲和李亚鹏在缙云山绍龙观的养生生活，称两人经常到缙云山养生，进行9天闭关养生修炼，早上5点准时起床练站桩功，晚上则会进入“讲经堂”听大师们“讲道”。然后两人再到二楼的练功房打坐，到晚上10点准时休息。9日内两人都被要求禁言，只用眼神交流，还要打三清指抄经。

道教是中国土生土长的固有宗教，是中国人的根蒂。道教以“道”为最高信仰，以神仙信仰为核心内容，以丹道法术为修炼途径，以得道成仙为终极目标，追求自然和谐、国家太平、社会安定、家庭和睦，相信修道积德者能够幸福快乐、长生。王菲婚后与李亚鹏前往绍龙观休养，也许是出于休养身体为李家延续香火的考虑。不过李一涉嫌造假后，王菲和李亚鹏都矢口否认与其认识。

虽然王菲早期主要是信奉藏传佛教，但汉传佛教的聚会和仪式她也很热心参与。2008年王菲与好友那英专程前往四川峨眉山的万年寺拜佛。2009年5月，王菲主动向主办方申请，前往陕西宝鸡参加法门寺合十舍利塔落成暨佛指舍利安奉大典大型晚会“法门”，并献唱歌曲《心经》，白衣飘飘双手合十的形象可谓经典。

比起藏传佛教，汉传佛教更贴近中国的普罗大众，两者是显宗和密宗的区别。有种说法是先修显宗再修密宗，这也说明了汉传佛教作为修行方式更容易入门。2011年王菲举行复出全国巡回演唱会南京站时，又素颜与李亚鹏到栖霞寺上香。两人还曾两次赶往杭州灵隐寺拜佛求子，应是在为生子做最后努力。2011年沈阳万鑫严重火灾中，有一尊木制佛像完好无损，王菲听闻后还在微博顶礼膜拜，却遭遇方舟子挑衅，两人还在微博打起嘴仗，一反天后平日的低调做派。虽然最后骂战以王菲主动退出而告终，但在网上激起不少争论，还一度引起大批“菲迷”群起攻击方舟子的现象。